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제너시스BBQ는 일감 몰아주기 논란에도 휘말렸다. 매장 리뉴얼을 결정한 가맹점주들이 공사를 하는 과정에서 도면 작성이나 감리 등의 업무를 자회사에 몰아준 것이다. 또 윤 회장 아들 소유의 HY인터내셔널이 생닭과 올리브유의 가맹점 공급을 독점토록 한 것과 친인척이 운영하는 업체로부터 치킨 박스를 납품받도록 한 사실도 문제가 됐다. 편법 증여 의혹도 제기됐다. 현재 BBQ 최대주주는 지분 84.84%를 가지고 있는 지주회사인 제너시스다. 윤 회장은 자녀들이 미성년자일 당시 3500만원을 들여 제너시스 지분 70%를 확보하도록 했다. 당시 윤 회장이 낸 증여세는 50만원 정도에 불과했다는 사실이 알려지면서 편법상속 논란이 불거졌다.
갑질 사태도 있었다. 2017년 5월 윤 회장이 BBQ치킨 봉은사점을 갑자기 방문해 막무가내로 주방까지 들어가는 과정에서 안전을 이유로 제지하는 직원에게 폐점을 시키겠다면서 폭언과 욕설을 퍼부었다는 것이다. 이 일로 봉은사점 가맹점주는 윤 회장 등을 상대로 업무방해와 모욕 등의 혐의로 고소를 했지만 불기소처분이 내려졌다. 폐점 검토를 지시한 것은 정당한 권리행사나 집무집행으로 위력을 행사해 업무를 방해했다고 볼 수 없다는 이유에서였다. 모욕 혐의와 관련해서는 양측 간 언쟁이 있었다는 점은 인정됐지만, 사건 발생 시기로부터 6개월로 규정된 고소 기간이 지난 상황이어서 각하됐다.